Seleção de primers para análise de inter simple sequence repeats na cultivar ‘Itália’ de Vitis vinífera L.

Selection of primers for analysis of inter simple sequence repeats in the ‘Italia’ cv. (Vitis vinífera L.)

¹ Graduando do curso de Tecnologia em Biotecnologia, Universidade Estadual de Maringá
² Graduada em Ciências Biológicas, Mestranda pelo Programa de Pós-graduação em Genética e Melhoramento, Universidade Estadual de Maringá
³ Graduanda do curso de Tecnologia em Biotecnologia, Universidade Estadual de Maringá
⁴ Departamento de Biotecnologia, Genética e Biologia Celular, Universidade Estadual de Maringá,  

^* corresponding author: Tel: +55 44 3011 4681, Fax: +55 44 3011 4893, e-mail: mfpsmachado@uem.br

Recebido : 8 Março 2014
Aceite : 12 Dezembro 2014

Resumo

No presente estudo o objetivo foi selecionar primers ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats), adequados para futuros estudos de variabilidade genética em plantas da cultivar ‘Itália’ (Vitis vinifera L.). Além disso, padronizar o método de quantificação de ADN (Ácido Desoxirribonucleico) e a reação de PCR para os primers selecionados. Para extração do ADN foram utilizadas amostras de folhas jovens de videira coletadas na região de Marialva, PR, e o método de quantificação do ADN escolhido foi o espectrofotômetro Picodrop®. Os primers selecionados por apresentarem um número satisfatório de bandas nítidas (106 no total) em gel de agarose 2% quando submetidos à eletroforese, foram: ISSR-1, ISSR-2, ISSR-5, ISSR-6, ISSR-7, ISSR-8, ISSR-9, ISSR-11, ISSR-12, ISSR-13, ISSR-14 e ISSR-15, usando uma temperatura para ligação dos primers de 50 °C na PCR. O número médio de bandas por primer foi de 8,84, sendo o ISSR-5 o que gerou uma maior quantidade (13) de regiões ISSR amplificadas.

Abstract

The objective of present study was to select ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) primers suitable for future genetic variability studies of the grape cultivar ‘Itália’ (Vitis vinifera L.) plants. Besides, it is aimed to standardize the method for quantifying DNA and PCR reaction for the selected primers. For DNA extraction, samples from young vine leaves collected in the region of Marialva-PR were used, and the chosen DNA quantification method was Picodrop® spectrophotometer. The primers selected for presenting a satisfactory number of sharp bands (106 in total) in 2% agarose gel when subjected to electrophoresis were: ISSR-1, ISSR-2, ISSR-5, ISSR-6, ISSR-7, ISSR-8, ISSR-9, ISSR-11, ISSR-12, ISSR- 13, ISSR-14 and ISSR-15 using an annealing temperature of 50°C at the PCR. The average number of bands per primer was 8.84, whereas ISSR-5 primer produced the highest number (13) of amplified ISSR regions.